Przygotowania trwały od jesieni 1946 roku. Pomysł operacji powstał w Sztabie Generalnym WP. 27 marca 1947 roku zastępca szefa Sztabu, generał Stefan Mossor przedstawił Państwowej Komisji Bezpieczeństwa plan akcji. Został on zaakceptowany dwa dni później przez Biuro Polityczne PPR, które zadecydowało także o powołaniu Grupy Operacyjnej "Wisła" oraz o zasadach wysiedlenia i ewakuacji.
Decyzja Stalina?
Zastrzelenie 28 marca wiceministra obrony narodowej generała Karola Świerczewskiego w zasadzce zorganizowanej przez UPA dało doskonały pretekst dla wysiedleń Ukraińców i zastosowania wobec nich zbiorowej odpowiedzialności.
Powołana GO "Wisła" miała "rozwiązać ostatecznie problem ukraiński w Polsce". Powierzono jej zadanie całkowitej likwidacji oddziałów UPA, przeprowadzenie "ewakuacji z południowego i wschodniego pasa przygranicznego wszystkich osób narodowości ukraińskiej na ziemie północno - zachodnie i osiedlenia ich tam w możliwie najrzadszym rozproszeniu".
Ewakuacja dotyczyła "wszystkich odcieni narodowości ukraińskiej z Łemkami włącznie" i obejmować miała również mieszane rodziny polsko-ukraińskie. Ryszard Torzecki w książce "Polacy i Ukraińcy", zastanawiając się nad rolą strony sowieckiej w wysiedleniach Ukraińców, pisze, że "decyzję tak brzemienną w skutki polityczne mógł podjąć Stalin lub Beria". Przypuszcza, że najważniejsze kwestie ustalano tak naprawdę w Moskwie, a następnie przekazywano je do Warszawy m.in. poprzez ministra bezpieczeństwa publicznego Stanisława Radkiewicza.
Do akcji przesiedleń skierowano blisko 20 tysięcy żołnierzy Wojska Polskiego i Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego, których wspomagała Milicja Obywatelska, Urząd Bezpieczeństwa Publicznego, oddziały Wojsk Ochrony Pogranicza i Służby Ochrony Kolei. Z siłami polskimi współpracowali żołnierze czechosłowaccy i sowieccy, blokujący granicę z Polską. Na mocy decyzji Biura Politycznego dowództwo GO "Wisła" objął generał Stefan Mossor, a jego zastępcami zostali wiceminister bezpieczeństwa publicznego pułkownik Grzegorz Korczyński i dowódca KBW pułkownik Juliusz Huebner.
Ówczesna liczebność wojsk UPA budzi dyskusje do dziś. Sztab GO "Wisła" oceniał, że liczyły one ponad 2400 żołnierzy i ponad 700 członków cywilnej siatki Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów. Dowódca UPA w Polsce pułkownik Mirosław Onyszkiewicz ("Orest") twierdził natomiast, że UPA miała wówczas około 1400 ludzi.
Akcja "Wisła" rozpoczęła się o świcie 28 kwietnia 1947 roku i trwała trzy miesiące. Ludność ukraińska zmuszana była do opuszczania swoich domów w ciągu 2-3 godzin. Pozwalano jej zabrać jedynie 25 kilogramów bagażu. Wysiedlone wsie rabowano, a następnie palono. Ukraińców bito i torturowano. Przeprowadzano również selekcje w celu wykrycia członków UPA i jej sympatyków. Podejrzanych kierowano do obozu koncentracyjnego w Jaworznie, w którym panowały straszne warunki. W sumie trafiło tam blisko 4 tysiące osób, w tym ponad 700 kobiet i dzieci. 160 Ukraińców poniosło w nim śmierć, której przyczyną był głód, choroby i stosowane w obozie tortury.
Do końca maja wysiedlono ludność ukraińską z powiatów: Lesko, Sanok, Przemyśl, Brzozów i częściowo Lubaczów. W czerwcu analogiczne działania dotknęły powiaty Jarosław i Lubaczów oraz województwo lubelskie. Wysiedlana ludność kierowana była do miejsc, w których oczekiwała na transporty. Najczęściej były to silnie strzeżone pastwiska otoczone drutem kolczastym. W takich warunkach kilkutysięczny niekiedy tłum przestraszonych i wycieńczonych ludzi czekał na decyzje dotyczące swojego dalszego losu.
Podróż do miejsca osiedlenia była prawdziwą gehenną. - Wagony przerażały samym swoim wyglądem - wspomina Kateryna Mudra. - Były okręcone drutem kolczastym, a w środku brud i smród, bo wcześniej przewożono nimi bydło.
W czasie transportów zmarło 27 osób. Część przesiedleńców wspomina, że również w trakcie podróży zdarzały się przypadki bicia i gwałtów ze strony żołnierzy.
Ukraińcy otrzymywali często gospodarstwa zaniedbane i zniszczone. Osiedlano ich w województwie szczecińskim, olsztyńskim, koszalińskim, wrocławskim, gdańskim, zielonogórskim i opolskim. Ich liczba w stosunku do mieszkających tam Polaków nie mogła przekraczać 10 procent.
Skutki
Akcję "Wisła" zakończono 31 lipca 1947 roku. Wg danych Sztabu Generalnego WP w jej ramach wysiedlono 140 575 Ukraińców, Łemków i członków rodzin mieszanych. Równolegle z wysiedleniami prowadzono działania przeciwko UPA. W ich wyniku rozbita została ukraińska partyzantka. Zginęli prawie wszyscy jej dowódcy. Walki były bardzo krwawe i charakteryzowały się szczególnym okrucieństwem. Według oficjalnych danych UPA straciła w czasie Akcji "Wisła" 1135 ludzi.
Od połowy maja do połowy września 1947 roku Wojskowy Sąd GO "Wisła" skazał 173 osoby na karę śmierci, a 58 na karę dożywotniego więzienia. Przez pierwsze trzy miesiące działalności sądu skazani praktycznie nie mieli możliwości zabiegania o prawo łaski, a wyroki były wykonywane w ciągu kilku dni od wydania.
Sąd rozpatrywał też sprawy 49 oficerów i żołnierzy polskich z GO "Wisła". Część z nich skazano na karę aresztu i więzienia. Przez dziesiątki lat Polski Ludowej przesiedleni Ukraińcy nie mogli powracać, ani nawet przyjeżdżać na tereny, z których ich wysiedlono.