Podczas II wojny światowej działał w ruchu oporu. Kilkakrotnie jako kurier emisariusz dostarczał informacje rządowi na uchodźstwie. W listopadzie 1942 roku przedostał się do Londynu i przekazał doniesienia o sytuacji w Polsce, a zwłaszcza informacje o eksterminacji Żydów. Zdobył je osobiście, docierając w przebraniu do obozu w Izbicy i dwukrotnie wchodząc do warszawskiego getta. W 1943 roku Karski złożył też raport amerykańskiemu prezydentowi Franklinowi Delano Rooseveltowi. Jego świadectwo spotkało się jednak z biernością sojuszników.
Po wojnie nie mogąc wracać do komunistycznej Polski, Karski osiadł w Stanach Zjednoczonych. Wykładał na katolickim Uniwersytecie Georgetown w Waszyngtonie. Jego książka o Polskim Państwie Podziemnym zatytułowana "Tajne państwo: opowieść o polskim Podziemiu", wydana w 1944 w USA, stała się bestsellerem i została przetłumaczona na wiele języków.
W 1995 roku w wywiadzie dla BBC Jan Karski mówił, że prawda o zagładzie Żydów, do jakiej dotarł w 1942 roku, wydawała się niewyobrażalna. W latach 1995-1997 wspomnienia Jana Karskiego, nagrane przez Macieja Wierzyńskiego, polskiego dziennikarza mieszkającego w Stanach Zjednoczonych, były emitowane w audycjach polskiej sekcji Głosu Ameryki. Jan Karski opowiadał (w wywiadzie udzielonym Maciejowi Wierzyńskiemu), że jadąc do Londynu jako kurier, dostał zwykły klucz z mikrofilmem, który zawierał raport o sytuacji Żydów. W razie niebezpieczeństwa miał go wyrzucić. Jan Karski wspominał, że w obozie w Izbicy, do którego wszedł w przebraniu ukraińskiego żołnierza, widział straszne rzeczy.
W rozmowie z Polskim Radiem w 1995 roku Jan Karski wspominał, że jeszcze w maju 1945 roku wierzył, iż nacisk Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych na Moskwę spowoduje, że odbędą się w naszym kraju wolne i niesfałszowane wybory, które wygrają partie demokratyczne. Jednak - jak mówił Karski - rachuby, na których opierali swoje nadzieje zwolennicy przywódcy PSL Stanisława Mikołajczyka, zawiodły i w Polsce absolutną władzę utrzymali "zausznicy Moskwy".
W 1982 roku Jan Karski otrzymał tytuł Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata i honorowe obywatelstwo Izraela. W 1995 został uhonorowany najwyższym polskim odznaczeniem Orderem Orła Białego. Janowi Karskiemu przyznano dwukrotnie Order Virtuti Militari - w 1941 i 1943 roku. Był też laureatem Nagrody im. Brata Alberta za "heroiczną służbę Polsce". W 1998 - w 50. rocznicę powstania państwa Izrael - otrzymał nominację do Pokojowej Nagrody Nobla.
Zmarł w Waszyngtonie, 13 lipca 2000 roku, w wieku 86 lat.
Pośmiertnie został odznaczony Prezydenckim Medalem Wolności - najwyższym odznaczeniem cywilnym Stanów Zjednoczonych. W 2016 roku prezydent Andrzej Duda awansował go na stopień generała brygady.
Na krótko przed śmiercią Jan Karski ustanowił Nagrodę Orła Jana Karskiego. Chciał, aby wyróżnienie jego imienia trafiało do tych, którzy "godnie nad Polską potrafią się zafrasować" oraz tych, którzy "nie będąc Polakami, dobrze Polsce życzą". W gronie laureatów znajdują się między innymi: Jacek Kuroń, ksiądz Józef Tischner, Marek Edelman, Tadeusz Mazowiecki, Oriana Fallaci, Karol Modzelewski, Muzeum Holocaustu w Waszyngtonie, Borys Niemców i Władysław Anders.
Na początku czerwca 2022 roku Kapituła Nagrody Orła Jana Karskiego podjęła decyzję, że w edycji 2022 roku zostaną uhonorowani: polskie społeczeństwo - za bezprecedensowy gest ludzkiej solidarności okazany społeczeństwu ukraińskiemu oraz Wołodymyr "Wowka" Bigun, dowódca 7. Chorągwi 207. Batalionu Obrony Terytorialnej Kijowa - za "heroizm obrony wolności przed rosyjskim faszyzmem, broniąc nie tylko Ukrainy, ale i Polski".
IAR/PP