Nowe Technologie

Nowe leki ratujące życie dzięki aplikacji DNADist oraz NVIDIA Tesla

Ostatnia aktualizacja: 10.08.2012 00:00
Chińscy naukowcy z Uniwersytetu Shanghai Jia Tong odnieśli sukces w badaniach genomicznych nad chorobami genetycznymi dzięki zastosowaniu standardu programowania OpenACC w wykorzystanej przez nich aplikacji DNADist. Oprogramowanie to stosuje się głównie na wczesnych etapach rozwoju terapii takich chorób, jak zespół Downa, białaczka, mukowiscydoza oraz anemia sierpowata.
Nowe leki ratujące życie dzięki aplikacji DNADist oraz NVIDIA Tesla
Foto: Glow Images/East News

 

Kompilator OpenACC zastosowany przez naukowców, umożliwił 16-krotne przyśpieszenie omawianej aplikacji za pomocą procesora graficznego NVIDIA Tesla Wystarczyło jedynie uzupełnić kod oprogramowania czterema nieskomplikowanymi liniami kodu przekierowującymi obliczenia.

 


  • DNADist jest aplikacją wykorzystującą do obliczeń metodę stosowaną w filogenetyce o nazwie distance-matrix, która pozwala na prowadzenie badań nad genetycznymi zależnościami ewolucyjnych między poszczególnymi gatunkami oraz odczyt sekwencji nukleotydów z sekwencjonowanych danych DNA. Dzięki niej naukowcy będą mogli lepiej poznać przyczyny i stworzyć skuteczniejsze terapie chorób genetycznych. Przyśpieszona aplikacja DNADist umożliwi zbadanie znacznie szerszego zakresu wprowadzonych danych, a tym samym uzyskanie przydatnych wyników na wcześniejszym etapie procesu badania choroby.

 


  • Dzięki standardowi programowania OpenACC nawet ci użytkownicy, którzy nie mają dużej wiedzy w zakresie programowania równoległego, mogą przyśpieszyć aplikacje badawcze w kilka godzin, stosując znajome modele programowania. Co pozwala firmom farmaceutycznym zmniejszyć koszty, zwiększyć skuteczność i przyśpieszyć badania oraz rozwój nowych leków.

 


  • Coraz większa liczba inżynierów i naukowców sięga po kompilatory obsługujące OpenACC oraz hybrydowe systemy obliczeniowe składające się z procesorów graficznych (GPU Tesla) i  jednostek centralnych (CPU) używając ich do projektowania w systemach CAD/CAM przetwarzania obrazów, obliczeń inżynierii materiałowej, dynamiki molekularnej, chemii kwantowej oraz wielu innych zastosowań. W wielu przypadkach użytkownicy informują o osiągnięciu pięcio-, a nawet dziesięciokrotnego przyśpieszenia obliczeń kosztem zaledwie kilku godzin pracy.