Nowe leki ratujące życie dzięki aplikacji DNADist oraz NVIDIA Tesla

Chińscy naukowcy z Uniwersytetu Shanghai Jia Tong odnieśli sukces w badaniach genomicznych nad chorobami genetycznymi dzięki zastosowaniu standardu programowania OpenACC w wykorzystanej przez nich aplikacji DNADist. Oprogramowanie to stosuje się głównie na wczesnych etapach rozwoju terapii takich chorób, jak zespół Downa, białaczka, mukowiscydoza oraz anemia sierpowata.

Foto: Glow Images/East News

 

Kompilator OpenACC zastosowany przez naukowców, umożliwił 16-krotne przyśpieszenie omawianej aplikacji za pomocą procesora graficznego NVIDIA Tesla Wystarczyło jedynie uzupełnić kod oprogramowania czterema nieskomplikowanymi liniami kodu przekierowującymi obliczenia.

 

• DNADist jest aplikacją wykorzystującą do obliczeń metodę stosowaną w filogenetyce o nazwie distance-matrix, która pozwala na prowadzenie badań nad genetycznymi zależnościami ewolucyjnych między poszczególnymi gatunkami oraz odczyt sekwencji nukleotydów z sekwencjonowanych danych DNA. Dzięki niej naukowcy będą mogli lepiej poznać przyczyny i stworzyć skuteczniejsze terapie chorób genetycznych. Przyśpieszona aplikacja DNADist umożliwi zbadanie znacznie szerszego zakresu wprowadzonych danych, a tym samym uzyskanie przydatnych wyników na wcześniejszym etapie procesu badania choroby.

 

• Dzięki standardowi programowania OpenACC nawet ci użytkownicy, którzy nie mają dużej wiedzy w zakresie programowania równoległego, mogą przyśpieszyć aplikacje badawcze w kilka godzin, stosując znajome modele programowania. Co pozwala firmom farmaceutycznym zmniejszyć koszty, zwiększyć skuteczność i przyśpieszyć badania oraz rozwój nowych leków.

 

• Coraz większa liczba inżynierów i naukowców sięga po kompilatory obsługujące OpenACC oraz hybrydowe systemy obliczeniowe składające się z procesorów graficznych (GPU Tesla) i  jednostek centralnych (CPU) używając ich do projektowania w systemach CAD/CAM przetwarzania obrazów, obliczeń inżynierii materiałowej, dynamiki molekularnej, chemii kwantowej oraz wielu innych zastosowań. W wielu przypadkach użytkownicy informują o osiągnięciu pięcio-, a nawet dziesięciokrotnego przyśpieszenia obliczeń kosztem zaledwie kilku godzin pracy.