Bruksela podejrzewa, że polskie przepisy o podatku handlowym naruszają prawo Unii Europejskiej o pomocy publicznej. Dochodzenie w tej sprawie zostało rozpoczęte a sam podatek zawieszony. Pomoc publiczna to wszelka pomoc przyznawana przez państwo przedsiębiorcom i jest ona niezgodna z zasadami rynku gdyż zakłóca konkurencyjność. Może być ona przyznawana w drodze wyjątku i na ściśle określonych zasadach. Nadzór nad pomocą publiczną sprawuje Komisja Europejska, której państwa członkowskie muszą zgłaszać chęć udzielenia tego rodzaju pomocy, a Komisja ma prawo zgłaszać zastrzeżenia lub domagać się jej wstrzymania. Podatek sklepowy w Polsce ma bardzo wysoką kwotę wolną, co w pewnym stopniu dyskryminuje różne przedsiębiorstwa działające w ramach tej samej branży.