Sobór Watykański II
Najważniejszą decyzją Jana XXIII podczas jego pontyfikatu było bez wątpienia zwołanie Soboru Watykańskiego II. Decyzja ta została ogłoszona w święto Nawrócenia Świętego Pawła, 25 stycznia 1959 roku w Bazylice Świętego Pawła za Murami. Sobór rozpoczął się kilka lat później, 11 października 1962 roku, niespełna 90 lat od poprzedniego (1868-1870).
Tę odważną decyzją Papież Roncalli podjął próbę zrozumienia nowych wyzwań, które stanęły przed Kościołem w jego spotkaniu ze światem. Nie chodziło o formułowanie nowych prawd wiary, ale o ukazanie nauczania Kościoła w sposób bardziej dostosowany do wrażliwości współczesnych ludzi. W szczególny sposób Papież chciał podkreślić miłosierdzie, dialog oraz potrzebę zbliżenia z różnymi wyznaniami chrześcijańskimi. Tę zasadę mocno uwypuklił w swojej pierwszej encyklice: Ad Petri Cathedram, która została podpisana 29 czerwca 1959 roku. Papież Jan podkreślił w niej wielkie pragnienie ekumeniczne jedności chrześcijan i znaczenie pokoju: "Te trzy dobra – prawda, jedność i pokój – aby je udzielać i rozwijać w duchu miłości chrześcijańskiej, tworzą podstawę tej Naszej pierwszej Encykliki".
Styl duszpasterski
Papież Roncalli tchnął nowego ducha i dał wielki impuls duszpasterskiej naturze posługi piotrowej. Od samego początku ukazywał w jasny sposób intencję spełniania funkcji Biskupa Rzymu w częstych spotkaniach z wiernymi oraz odwiedzaniu licznych parafii. Myśląc o nich rozpoczął pierwszy Synod diecezjalny, który odbył się w dniach od 24 do 31 stycznia 1960 roku. W ten sposób chciał zapewnić odpowiednie funkcjonowanie instytucji diecezjalnych poprzez umocnienie roli Wikariatu Rzymskiego oraz jego odniesienie do życia parafialnego. Był pierwszym Papieżem w historii, który odwiedził szpital (szpital pediatryczny Dzieciątka Jezus, w Boże Narodzenie 1958 roku) oraz więzienie, gdzie spotkał się z osadzonymi (więzienie Regina Coeli – 26 grudnia 1958 roku). W sumie można odnotować około 150 "wyjść" Papieża Jana XXIII z Watykanu na różne spotkania z wiernymi.
"Nowości" Jana XXIII
Był pierwszym papież od czasów Sykstusa V (1590), który określił liczbę kardynałów, z 70 do 75, a potem do 90. Pierwszym, który przyjął na audiencji głowę Kościoła Anglikańskiego, po ponad 400 latach od schizmy. Spotkanie z Arcybiskupem Canterbury, Geoffreyem Francisem Fischerem miało miejsce w Watykanie 2 grudnia 1960,
Jako pierwszy papież mianował kardynała afrykańskiego, japońskiego oraz filipińskiego. Wszyscy otrzymali purpurę kardynalską na konsystorzu 28 marca 1960 roku,
13 listopada 1960 roku po raz pierwszy w historii przewodniczył Mszy Świętej w rycie bizantyńsko-słowiańskim ku czci Św. Jana Chryzostoma w Bazylice Watykańskiej,
Jan XXIII ponadto trwalił tradycję niedzielnej modlitwy Anioł Pański z okna Pałacu Apostolskiego. Wprowadził ją Papież Pius XII, ale nie odbywała się regularnie. Ten zwyczaj obejmował na początku tylko odmówienie samej modlitwy. Potem stopniowo Jan XXIII dodał do niej kilka słów refleksji na temat znaczenia świąt, biorąc jako podstawę Ewangelię z dnia,
Papież Roncalli był pierwszym, i do dzisiaj ostatnim papieżem, który otrzymał nagrodę Balzana za utrwalanie pokoju, promocję człowieka oraz braterstwa pomiędzy narodami. Nastąpiło to po jego interwencji w czasie kryzysu kubańskiego, w październiku 1962 roku. 22 października tego roku, Prezydent Stanów Zjednoczonych, John F. Kennedy ogłosił obecność obiektów wojskowych na Kubie oraz zbliżanie się do wyspy okrętów sowieckich z pociskami nuklearnymi na pokładzie. Prezydent Amerykański zarządził wtedy blokadę uniemożliwiającą wpłynięcie statków 800 mil przed wyspą. Wydawało się, że okręty sowieckie będą dążyły do przełamania tej blokady.
Trzy dni później, 25 października Papież Jan XXIII wystąpił przed mikrofonami Radia Watykańskiego i zwrócił się do "wszystkich ludzi dobrej woli" z orędziem w języku francuskim: "Kościołowi bardziej od innych rzeczy leży na sercu pokój i braterstwo pomiędzy ludźmi. Pragnie on zabiegać niestrudzenie o umocnienie tych wartości. (…) Błagamy przywódców państw (…), aby uczynili wszystko, co jest możliwe, aby ocalić pokój: w ten sposób oddalą od świata okropności wojny, których straszliwych konsekwencji nie sposób przewidzieć". Wzywał wtedy do kontynuowania rozmów. Wręczenie nagrody Balzana miało miejsce 11 maja 1963 roku na Kwirynale, i to był pierwszy raz, kiedy Papież wszedł do urzędu państwa włoskiego, Jan XXIII to również pierwszy papież, który odpowiedział na telegram z Kremla: 25 listopada 1961 roku, Nikita Chruszczow, przywódca Związku Sowieckiego wysłał Papieżowi życzenia z okazji 80-tych urodzin.
W 1962 roku kanonizował świętego kolorowego: Marcina de Porres, dominikanina, mulata z Ameryki Południowej. Z kolei 16 października 1959 roku ustanowił Filmotekę Watykańską, w celu zbierania i przechowywania materiałów filmowych na temat życia Kościoła i historii papiestwa,
Jan XXIII ponadto zniósł zwyczaj całowania przez kardynałów podnóżka nowego papieża po jego wyborze oraz zwyczaj zabraniający wejścia na kopułę Bazyliki Świętego Piotra dla wiernych w czasie, gdy papież spaceruje po ogrodach watykańskich.
o. Krzysztof Ołdakowski