Hiszpan został piłkarzem bawarskiego klubu latem 2012 roku. Bawarczycy wykupili go z Athleticu Bilbao za 40 milionów euro, co było wtedy najwyższym transferem w historii Bayernu. Do dziś tylko za czterech piłkarzy zapłacono w Monachium więcej.
Oficjalnie: Jose Mourinho znalazł nowy klub. Portugalczyk wraca do Serie A po latach
Martinez występował najczęściej jako defensywny pomocnik lub środkowy obrońca. Z monachijskim klubem zdobył aż 23 trofea - dwukrotnie sięgał po Ligę Mistrzów, Superpuchar Europy i Klubowe Mistrzostwo Świata, a na krajowym gruncie osiem razy wygrał Bundesligę, cztery razy Superpuchar Niemiec i pięć razy Puchar Niemiec. Najprawdopodobniej, niebawem dołoży do tego następne ligowe zwycięstwo.
- Jestem bardzo dumny i szczęśliwy, że mogłem być częścią rodziny Bayernu przez dziewięć lat. Chciałbym podziękować temu wspaniałemu klubowi, a zwłaszcza naszym kibicom. Dzięki Wam Monachium stało się moim domem - powiedział Martinez.
Łącznie wystąpił w 266 meczach "Die Roten", zdobywając w nich 14 goli, był też autorem 11 asyst. To nie pierwsza taka decyzja władz Bayernu w ostatnich miesiącach. Klub zdecydował, że nie przedłuży wygasających umów z Jerome Boatengiem i Davidem Alabą. Ten drugi najprawdopodobniej zostanie piłkarzem Realu Madryt.