Przez ponad 20 lat zajmowała się ona polubownym zwrotem Kościołowi majątku odebranego przez państwo w okresie PRL, lub ustaleniem rekompensat za utracone mienie.
W marcu tego roku komisję zlikwidowano, między innymi ze względu na nieprawidłowościprzy wycenie nieruchomości lub zwrot majątku z naruszeniem obowiązującego prawa. Przepisy jeszcze w ubiegłym roku zaskarżyli posłowie SLD, argumentując, że komisja podejmowała decyzje, od których nie można było się odwołać. Ponadto w rozstrzyganiu pomijano samorządy dysponujące majątkiem, o którego zwrocie decydowała komisja.
SLD kwestionuje m.in. brak możliwości odwoływania się od decyzji Komisji, których nie konsultowano z samorządami. - Gminy dowiadywały się o utracie mienia na końcu, często z mediów - mówił w TK poseł SLD Stanisław Rydzoń. - Te gminy czekają na wyrok jak na deszcz - dodał.
Zaproszony przez TK do udziału w sprawie przedstawiciel MSWiA, szef departementu wyznan religijnych w MSWiA Józef Różański (b. współprzewodniczący Komisji) powiedział, że była możliwość wystąpienia do sądu, gdy dana sprawa toczyła się jeszcze przed Komisją. - Dążyliśmy do ugody, a gdy widzieliśmy, że któraś ze stron jest niezadowolona, sugerowaliśmy drogę sądową - dodał Różański. Powiedział, że gminy często dostawały zaproszenia na obrady Komisji, ale "zdarzało się, że przedstawiciele samorządów nie przybywali". "- Nie było jednak zapisu ustawowego, że oni mają być wzywani - replikował Rydzoń.
Sejm i prokurator generalny wnoszą o umorzenie sprawy wobec likwidacji Komisji, a za niekonstytucyjny uznają tylko jeden przepis ustawy. Przewidywał on, że rząd określi w rozporządzeniu mienie których jednostek Skarbu Państwa lub samorządu Komisja może przekazać Kościołowi - podczas gdy określać mogła to tylko ustawa.
SLD jest przeciwny umorzeniu i argumentuje, że TK może zbadać przepis już nieistniejący jeśli uzna, iż ma to znaczenie dla ochrony konstytucyjnych praw i wolności.
to