W 1953 uwięziony i pozbawiony władzy kościelnej. W październiku 1956 powrócił do Warszawy.
W latach 1965-66 pozostawał w ostrym konflikcie z władzami PRL w związku z listem biskupów polskich do biskupów niemieckich ze słynną frazą: "udzielamy przebaczenia i prosimy o przebaczenie”. W sierpniu 1980 wzywał do rozwagi i odpowiedzialności. W latach 1980–81 pośredniczył w rozmowach "Solidarności” z władzami PRL.
Jego pogrzeb w Warszawie zgromadził tysiące ludzi i nazwany był królewskim.