Małgorzata Perkowska-Waszek ukończyła studia muzykologiczne na Uniwersytecie Jagiellońskim (praca magisterska pod kierunkiem E. Dziębowskiej). Stopień doktora otrzymała na podstawie pracy Geneza i historia utworów Paderewskiego w świetle nieznanych źródeł (promotor Z. Chechlińska).
- Jej osobistym pragnieniem było dbanie o zachowanie pamięci o Paderewskim jako o wielkim patriocie – wspomina prof. Małgorzata Woźna-Stankiewicz. – Dzięki pracy Małgorzaty Perkowskiej-Waszek powstał Diariusz koncertowy Paderewskiego. To pierwszy przykład w historiografii uzycznej , gdy wybitny artysta zyskuje szczegółową dokumentację swej działalności.
- Była córką wybitnego kompozytora Piotra Perkowskiego – zauważa Andrzej Sitarz. – To kompozytor ciągle niedoceniany. Pani Perkowska walczyła o to, by jego twórczość przywrócić salom koncertowym.
Od 1974 pracowała w nowo założonym Ośrodku Dokumentacji Życia i Twórczości I. J. Paderewskiego przy Instytucie Muzykologii UJ. Została kierownikiem Ośrodka, który w 2002 r. przemianowano na Ośrodek Dokumentacji Muzyki Polskiej XIX wieku im. I. J. Paderewskiego.
W 2001 r. weszła w skład powołanego przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego komitetu honorowego i organizacyjnego obchodów Roku Paderewskiego.
Była redaktorem naczelnym zbiorowego wydania Dzieł I.J. Paderewskiego. Opublikowała między innymi Diariusz koncertowy Paderewskiego. Kraków PWM, 1990 oraz Za kulisami wielkiej kariery. Paderewski w dziennikach i listach Sylwina i Anieli Strakaczów, (oprac. i wstęp; przypisy wraz z A. Appleton). Kraków Musica Iagellonica 1994.
W audycji Anny Skulskiej Małgorzatę Perkowską-Waszek wspominała także Justyna Szombara.