Utrata różnorodności biologicznej to nie tylko zanik rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Oznacza ona, że całe ekosystemy są mniej wydajne i słabsze w obliczu czynników zewnętrznych. Może to powodować na przykład spadek liczebności ryb w stadach, jałowienie gleb lub wyginięcie pszczół. Dlatego wśród celów Unii Europejskiej jest utrzymanie naturalnych ekosystemów i odzyskania siedlisk do roku 2020.