Kościół św. Krzyża otrzymał dofinansowanie z Unii Europejskiej w wysokości ponad 16 mln zł. Ukazała się także publikacja dokumentująca zakres wykonanych prac. Projekt pt. "Renowacja Kościoła Świętego Krzyża wraz z zabudowaniami poklasztornymi w Warszawie, jako ważnego obiektu dziedzictwa kultury narodowej " zakładał ogrom prac. Rekonstrukcji uległy wykusze balkonowe kościoła. Wymieniono także stolarkę okienną. Nagrobki rzeźb drewnianych zostały poddane konserwacji. Przeprowadzono prace izolacyjno - osuszeniowe na zewnątrz i wewnątrz zabudowań kościelnych. Wymieniono instalację elektryczną oraz założono system ostrzegania pożarowego. Odnowiono żyrandole i kinkiety. Konserwację przeszły także organy, konfesjonały, balustrady, ławki dla wiernych, a także podesty. Zamontowana została tam winda oraz zbudowana łazienka dostosowana do potrzeb osób niepełnosprawnych.