Przeciwko protestującym władze skierowały "odpowiednie" środki. Na ulice Poznania wjechało 359 czołgów i weszło 10 tysięcy żołnierzy z bronią ręczną i maszynową.
Brakuje dokładnych danych co do ofiar. W wyniku śledztwa Instytutu Pamięci Narodowej ustalono, że zginęło 58 osób, w tym 50 cywili, 4 żołnierzy, 1 milicjant i 4 funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa. Najmłodszą ofiarą buntu był Romek Strzałkowski, który miał zaledwie 13 lat. Ranne zostały co najmniej 573 osoby.
W ciągu pierwszych 24 godzin zamieszki zostały stłumione. W nocy z 28 na 29 czerwca funkcjonariusze UB i MO przeprowadzili zakrojoną na masową skalę akcję i wyłapali najbardziej aktywnych uczestników protestów. W ciągu kolejnych tygodni do aresztów trafili inni zatrzymani. Jak podaje IPN, według jednego z raportów UB, do 8 sierpnia zatrzymano 746 osób. Wobec 323 zastosowano areszt i wszczęto śledztwo, pozostałych, po przesłuchaniach, zwolniono. Spośród aresztowanych oskarżono 50 osób.
Władze lansowały tezę "o spisku agentów imperialistycznych". Teoria o imperialistycznej prowokacji miała byc skuteczniejsza, bo w tym czasie odbywały się Międzynarodowe Targi Poznańskie. Aparat propagandy władz komunistycznych głosił też, że to nie robotnicy, ale "elementy chuligańskie i kryminalne" wystąpiły przeciwko władzy ludowej. Rządzący mieli świadomość, że nie mogą postawić przed sądem kiludziesięciu tysięcy ludzi, którzy 28 czerwca wyszli na ulice Poznania.
Początkowo śledczy przygotowali 51 procesów, w których zasiąść miało na ławie oskarżonych 135 osób. Ostatecznie doszło do trzech procesów, nazywanych - "procesem trzech", "procesem dziewięciu" i "procesem dziesięciu". Oskarżeni spodziewali się najgorszego, bowiem mieli być sądzeni według tzw. małego kodeksu karnego z 1946 roku, w myśl którego za zarzucane im przestępstwa, groziła kara od 5 lat więzienia do dożywocia lub nawet kary śmierci. Prokuratorzy chcieli, żeby oskarżonych sądzić, jak zwykłych przestępców kryminalnych.
Pierwsze procesy zapowiedziane były na koniec lipca, ale wciąż termin ich rozpoczęcia był przesuwany. Miały być jawne i władze obowiały się reakcji poznaniaków na widok oskarżonych noszących wyraźne ślady pobicia. W trakcie rozpraw adwokaci często zwracali się do sądu z informacją, żeby nie brać pod uwagę zeznań, które w czasie śledztwa wymuszane były biciem i torturami. We wszystkich trzech tzw. procesach poznańskich, sąd przychylił się do wniosków obrońców.
Poznańska palestra zaskoczyła wszystkich. Adwokaci jawnie przeciwstawili się prokuratorom. Starali się przedstawić sytuacje z czerwca w kontekście wystąpień robotniczych, podkreślali pochodzenie robotnicze zdecydowanej większości podsądnych, wskazywali luki w materiale dowodowym i brutalne wymuszanie zeznań.
Dzięki zdecydowanej postawie poznańskich adwokatów, zapadły niskie wyroki. W tzw. procesie trzech wyrok zapadł 8 października - orzeczono kary 4 i 4,5 roku pozbawienia wolności. W tzw. procesie dziewięciu - wyrok wydano 12 października - 7 oskarżonych skazano na kary od 2 do 6 lat pozbawienia wolności, a 2 uniewinniono. W tzw. procesie dziesięciu nie doszło do wydania wyroku. Sąd Wojewódzki w Poznaniu zwrócił akta prokuraturze celem uzupełnienia śledztwa.
