W niedzielnym meczu z Jagiellonią Białystok, a był to jego pierwszy w tym sezonie ligowy występ, Małkowski już w pierwszej minucie nabawił się urazu prawej i po kilku minutach opatrywania przez masażystów został zmieniony przez Bartosza Kanieckiego.
Po badaniach okazało się, że zawodnik poważnie naderwał mięsień półbłoniasty i przerwa w treningach może potrwać nawet 10 tygodni. A to oznacza, że w tym sezonie Małkowski już nie zagra.
Pasmo jego nieszczęść rozpoczęło się 19 listopada 2011 roku w przegranym 0:3 meczu z Legią w Warszawie - w 83. minucie Miroslav Radovic strzelił trzeciego gola dla gospodarzy i przypadkowo uderzył interweniującego bramkarza Lechii kolanem w głowę. Małkowski ze wstrząśnieniem mózgu trafił do szpitala MSWiA w Warszawie, który opuścił z dwutygodniowym zwolnieniem.
W T-Mobile Ekstraklasie wychowanek Wisły Tczew wystąpił ponownie 30 marca 2012 roku, ale 10 dni później w konfrontacji z Zagłębiem Lubin już w szóstej minucie musiał opuścić boisko z powodu naciągnięcia mięśnia czworogłowego. Ten uraz wyeliminował go z gry w dwóch kolejnych spotkaniach.
W aktualnym sezonie Małkowski miał być bramkarzem numer jeden w Lechii, ale już 11 sierpnia 2012 roku w meczu 1/16 finału Pucharu Polski z Bogdanką w Łęcznej zerwał więzadła krzyżowe. Stało się to w 85. minucie w banalnej sytuacji, kiedy wybijał zagraną mu przez Jarosława Bieniuka piłkę.
Po tej kontuzji oraz operacji rehabilitacja przebiegała prawidłowo i Małkowski szybko doszedł do pełnej sprawności. Podczas styczniowego zgrupowania we Władysławowie bramkarz, który ma za sobą jeden występ w reprezentacji Polski, tryskał energią i humorem.
- 5 września 2012 roku przeszedłem operację rekonstrukcji uszkodzonych więzadeł. Lekarze twierdzili, że do treningu będą mógł wrócić dopiero w lutym. Tymczasem już w grudniu zacząłem biegać, a na obozie we Władysławowie, który rozpoczął się 14 stycznia, normalnie ćwiczyłem z zespołem. Jak widać oszukałem medycynę. Czuję się znakomicie, zarówno pod względem fizycznym jak i psychicznym. W trakcie rehabilitacji pilnowałem się i, zamiast przytyć, nawet schudłem o 1,5 kg- mówił wówczas.
Trener Bogusław Kaczmarek nie rzucił jednak od razu swojego bramkarza na głęboką wodę - Małkowski wystąpił na wiosnę w trzech spotkaniach III-ligowych rezerw, po czym przewidziany był do gry w 20. kolejce w Gdańsku przeciwko Wiśle Kraków. 26-letni golkiper nie wziął jednak udziału w tym meczu, bo przed konfrontacją z "Białą Gwiazdą" uczestniczył w drogowej kolizji, w której został dość mocno poobijany.
Kolejna kontuzja odniesiona w niedzielnym spotkaniu z Jagiellonią oznacza, że w tym sezonie Małkowski nie pojawi się już na boisku.
man