- na linii Tarnów - Nowy Sącz - Muszyna - Krynica pociągi pasażerskie kursują jedynie na odcinku Stróże - Nowy Sącz, na pozostałych odcinkach tej linii doszło do licznych uszkodzeń, spośród których najpoważniejszym jest zniszczenie przez Poprad mostu w Nowym Sączu ; termin odbudowy mostu w Nowym Sączu zostanie ustalony po opadnięciu wody w Popradzie i ocenie stanu technicznego pozostałej części konstrukcji; pociągi towarowe jadące na Słowację są kierowane przez przejście w Zwardoniu,
- na linii Stróże - Jasło na odcinku Gorlice Zagórzany - Biecz (uszkodzenie sieci trakcyjnej przez przewrócone drzewo, zalany tor) i na odcinku Skołyszyn - Jasło (rozmyty nasyp, podmycie toru),
- na stacji Sandomierz i przyległych odcinkach linii (zalanie przez powódź), pociągi kursują w skróconej relacji, wykorzystywana jest także zastępcza komunikacja autobusowa; stacja została zalana przez kolejną falę powodzi, zalaniem zagrożona jest stacja Dwikozy,
- na linii Rybnik - Sumina, odcinek Rydułtowy - Sumina, objazd pociągów pasażerskich przez st. Rybnik,
- na linii Pszczyna - Żory, odcinek Pszczyna - Radostowice, ruch pociągów pasażerskich skierowany przez stacje Chybie i Dębina,
- na odcinku Kraków Mydlniki - Kraków Bronowice (tylko ruch towarowy),
- na odcinku Łaziska Średnie - Orzesze Jaśkowice, całkowita przerwa w ruchu (tylko pociągi towarowe).
W wielu innych miejscach kraju, sa poważne utrudnienia w funkcjonowaniu kolei. Odbywają się one na następujących trasach:
- na odcinku Warszawa Okęcie - Piaseczno (linia Warszawa - Radom - Kielce), ruch z ograniczoną prędkością prowadzony jest na obu torach (jeden z torów przywrócono do ruchu po podmyciu w piątek),
- na odcinku Starachowice - Kunów (linia Skarżysko Kamienna - Stalowa Wola) ruch prowadzony po jednym torze, sąsiedni tor położony na osuwającej się skarpie jest wyłączony z ruchu,
- na odcinku Kobiór - Pszczyna (linia Katowice - Bielsko Biała) ruch prowadzony jest po jednym torze, sąsiedni tor zamknięty z powodu osuwiska,
- na odcinku Leszczyny - Rybnik (linia Katowice - Rybnik) ruch prowadzony po jednym torze, sąsiedni tor zamknięty z powodu podmycia,
- na odcinku Most Wisła - Ochodza (linia Most Wisła - Chybie) ruch prowadzony po jednym torze, tor sąsiedni zamknięty z powodu podmycia,
- na odcinku Racibórz - Racibórz Markowice (linia Kędzierzyn Koźle - Chałupki) ruch prowadzony po jednym torze, sąsiedni zamknięty z powodu podmycia,
- na odcinku Boguchwała - Babica (linia Rzeszów - Jasło) osunięta skarpa nasypu, ograniczenie prędkości pociągów,
- na odcinku Niedźwiedź - Zastów (linia Kielce - Kraków) jeden tor zamknięty, ruch odbywa się po jednym torze.
PKP informuje, że trwa naprawa uszkodzonych odcinków i szacowanie strat spowodowanych powodziami. W niektórych przypadkach szkody są tak poważne, że naprawa będzie musiała potrwać nawet do lipca.