Rozpoczęta 5 czerwca 1999 roku, trwała 13 dni, podczas których Ojciec Święty odwiedził 23 miejscowości. Najwięcej czasu spędził w Warszawie, Krakowie i Licheniu.
Podczas tej wizyty w spotkaniach z papieżem uczestniczyło blisko 9 milionów wiernych. Do najważniejszych wydarzeń należało spotkanie papieża z parlamentem w obecności prezydenta, premiera i rządu. Przemawiając po raz pierwszy w historii w parlamencie narodowym, Jan Paweł II przestrzegał przed nadużywaniem władzy i korupcją, która "jest zagrożeniem dla demokracji".
Wizyta papieża zbiegła się z ostatnim okresem przygotowań Kościoła do Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. W Drohiczynie w ekumenicznym spotkaniu z Ojcem Świętym uczestniczyło 200 tysięcy ludzi. Wśród nich był także zwierzchnik Kościoła prawosławnego w Polsce, arcybiskup Sawa oraz przedstawiciele innych Kościołów.
Już na początku pielgrzymki papież wypowiedział słowa, które zapadły wiernym w pamięci: "Nie ma solidarności bez miłości. Więcej, nie ma szczęścia, nie ma przyszłości człowieka i narodu bez miłości".