Generał został aresztowany na ul. Piotrkowskiej w momencie, gdy wychodził z budynku Wojskowej Komendy Rejonowej. Przewieziono go do Warszawy i osadzono w areszcie śledczym MBP przy ul. Koszykowej. 17 listopada oficer śledczy MBP por. Zygmunt Krasiński zwrócił się do naczelnego prokuratora wojskowego o zastosowanie wobec Augusta Emila Fieldorfa środka aresztu tymczasowego.
Kto usiłuje...
Osadzono go w więzieniu przy ul. Rakowieckiej. Pomimo tortur odmówił współpracy z Urzędem Bezpieczeństwa. 21 listopada Wojskowy Prokurator Naczelnej Prokuratury Wojskowej ppłk Helena Wolińska wydała postanowienie o tymczasowym aresztowaniu generała z artykułu 86: "Kto usiłuje przemocą zmienić ustrój Państwa Polskiego podlega karze więzienia na czas nie krótszy od 5 lat albo karze śmierci".
Śledztwo przeciwko generałowi wszczęto 20 grudnia. Rozpoczęły się intensywne przesłuchania trwające do 30 lipca 1951 roku. 4 sierpnia oficer śledczy MBP ppor. Kazimierz Górski sporządził akt oskarżenia. 16 kwietnia 1952 roku o godz. 12.30 w gmachu Sądu Wojewódzkiego dla m. st. Warszawy rozpoczęła się "rozprawa główna" przy drzwiach zamkniętych.
Zbrodnia sądowa
Sąd uznał gen. Fieldorfa za winnego zarzucanych mu czynów i skazał go na karę śmierci przez powieszenie. Zasądzono także utratę praw publicznych i obywatelskich, praw honorowych oraz przepadek mienia. Generał miał występować przeciwko "bojownikom o wolność i wyzwolenie społeczne".
"Udowodnione materiałami sprawy morderstwa około tysiąca antyfaszystów, tylko w części obrazują faktyczne zbrodnie, które obciążają skazanego" - uznał sąd. Wspomniany artykuł 86. dekretu PKWN był narzędziem bezprawia sądowego w walce politycznej, prowadzonej przeciwko AK i całemu niepodległościowemu podziemiu. Z tego samego artykułu orzekano także kary wymierzane niemieckim zbrodniarzom wojennym.
Bez prawa łaski
Wyrok na gen. Fieldorfa został zatwierdzony przez Sąd Najwyższy 20 października 1952 roku. Na uwagę zasługuje opinia składu sędziowskiego, skierowana do Sądu Najwyższego: "Skazany Fieldorf na łaskę nie zasługuje. Skazany wykazał wielkie natężenie woli przestępczej. Zdaniem sądu nie istnieje możliwość resocjalizacji skazanego".
Dwa dni później "prośby o łaskę" do Bolesława Bieruta skierowali żona i ojciec generała.
Prezydent Bierut nie skorzystał z prawa łaski i 3 lutego 1953 r. wyrok zatwierdził.
24 lutego 1953 r. gen. Emil Fieldorf został stracony przez powieszenie w więzieniu mokotowskim w Warszawie przy ul. Rakowieckiej. Ciało pochowano w nieznanym miejscu.
Wiele wskazuje na to, że bezpośrednim powodem skazania generała na śmierć mogła być odmowa współpracy z władzami komunistycznymi. Osoby odpowiedzialne za zbrodnię dokonaną na gen. Fieldorfie nie poniosły kary. Dziś większość z nich już nie żyje.
W 2006 roku prezydent Lech Kaczyński odznaczył gen. Fieldorfa pośmiertnie Orderem Orła Białego.
Całe życie w służbie
Gen. Fieldorf w latach 1914-17 służył w Legionach Polskich, a następnie w Polskiej Organizacji Wojskowej. Od listopada 1918 roku był żołnierzem Wojska Polskiego, w latach 1919-20 uczestniczył w kampanii wileńskiej. Po wybuchu wojny polsko – bolszewickiej w randze dowódcy kompanii brał udział między innymi w wyzwalaniu Dyneburga, Żytomierza i w wyprawie kijowskiej.
Po wojnie pozostał w wojsku. Od 1938 roku był dowódcą 51. Pułku Strzelców Kresowych, którym kierował także podczas kampanii wrześniowej. Po klęsce przedostał się do Francji, gdzie ukończył kursy sztabowe i został awansowany na pułkownika. We wrześniu 1940 roku jako pierwszy emisariusz od czasu wybuchu wojny na Zachodzie został przerzucony do kraju. Początkowo działał w warszawskim Związku Walki Zbrojnej (ZWZ), a od 1941 roku współpracował z ZWZ w Wilnie i Białymstoku.
W sierpniu 1942 roku mianowano go dowódcą Kedywu Komendy Głównej AK. Służbę na tym stanowisku pełnił do lipca 1944 roku, kiedy został zastępcą dowódcy Armii Krajowej gen. Leopolda Okulickiego "Niedźwiadka". 28 września 1944 roku mianował został generałem brygady i Naczelnym Komendantem organizacji NIE, organizacji, która miała przygotować struktury do działań w wypadku sowieckiej okupacji.
7 marca 1945 r. w Milanówku pod przybranym nazwiskiem Walenty Gdanicki został aresztowany przez NKWD i nierozpoznany - zesłany do obozu pracy na Uralu. Do kraju wrócił w październiku 1947 roku i zamieszkał pod fałszywym nazwiskiem w Białej Podlaskiej. Przebywał następnie w Warszawie i Krakowie, a w końcu osiadł w Łodzi. W związku z ogłoszoną w 1947 roku amnestią, ujawnił się w lutym 1948 roku.