W czasie wojny obronnej we wrześniu 1939 roku, jako podporucznik rezerwy, dołączyła do rzutu kołowego Bazy Lotniczej nr 3. Trafiła do niewoli sowieckiej, prawdopodobnie 22 września w okolicach Husiatyna.
WIĘCEJ W SERWISIE POŚWIĘCONYM ZBRODNI KATYŃSKIEJ
Była przetrzymywana i przesłuchiwana w Ostaszkowie i Kozielsku. Zginęła w Katyniu - najprawdopodobniej 22 kwietnia 1940, czyli w dniu swoich 32. urodzin - była jedyną kobieta wśród zamordowanych. Jej ciało zostało odnalezione podczas przeprowadzonej przez Niemców ekshumacji, jednak fakt ten - ze względów propagandowych - został zatajony. Czaszkę Lewandowskiej wywiózł do Wrocławia członek niemieckiej komisji, profesor Gerharda Butz. Znalazła się ona w Instytucie Medycyny Sądowej, gdzie po wojnie trafiła w ręce profesora Bolesława Popielskiego, który ukrył ją - wraz z sześcioma innymi, również przywiezionymi przez Niemców z Katynia - przed komunistycznymi władzami Polski. Fakt przechowywania czaszek został przez niego ujawniony dopiero w 1997 roku - tuż przed śmiercią. Szczątki Janiny Lewandowskiej poddano badaniom z użyciem najnowszych metod kryminalistycznych. Zostały one zidentyfikowane.
