Po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 roku przekroczył wraz z rządem RP granicę polsko-rumuńską. Został internowany przez władze Rumunii. 30 września zrezygnował z prezydentury, a jego następcą został Władysław Raczkiewicz. W grudniu 1939 wyjechał do Szwajcarii, gdzie mieszkał do śmierci. Zmarł w 1946 roku.
Jeszcze podczas studiów chemicznych na Politechnice w Rydze uczestniczył w działalności konspiracyjnej polskich organizacji socjalistycznych. Ponieważ był ścigany przez władze carskie, wyjechał do Londynu. Tam zetknął się z Józefem Piłsudskim i związał się z jego obozem politycznym.
Równocześnie z działalnością polityczną pracował naukowo. W 1897 roku rozpoczął pracę na uniwersytecie we Fryburgu w Szwajcarii, a następnie w prestiżowej szwajcarskiej firmie chemicznej. W Szwajcarii odniósł sukces naukowy i finansowy.
W 1912 Ignacy Mościcki zaczął pracę na Politechnice Lwowskiej. Ogłosił ponad 60 prac i patentów, a jego talent naukowy został doceniony przez Alberta Einsteina.
Podczas I wojny światowej współpracował z Polską Organizacją Wojskową. Po odzyskaniu niepodległości wrócił do pracy naukowej. Od 1922 roku pełnił funkcję dyrektora naczelnego Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie. W tym samym roku był założycielem Unii Narodowo-Państwowej, centrowej partii politycznej związanej z obozem piłsudczykowskim.
Po przewrocie majowym w 1926 Józef Piłsudski powierzył mu funkcję prezydenta Rzeczpospolitej. W 1933 roku Ignacy Mościcki został wybrany na drugą kadencję. Do śmierci Józefa Piłsudskiego prezydent pełnił przede wszystkim funkcje reprezentacyjne i honorowe, a ośrodkiem decyzyjnym w państwie pozostawał marszałek.
Po rozpoczęciu II wojny światowej, 1 września 1939 roku, Ignacy Mościcki zapowiadał walkę aż do ostatecznego zwycięstwa. Po agresji ZSRR na Polskę Ignacy Mościcki przekroczył wraz z rządem RP granicę polsko-rumuńską. Został internowany przez władze Rumunii, a 30 września zrezygnował z prezydentury.
Ignacy Mościcki po rezygnacji z urzędu prezydenta planował wyjazd do Szwajcarii. W latach 1908-1920 posiadał, bowiem obywatelstwo tego kraju. Władze Rumunii wyraziły wstępną zgodę na jego wyjazd, ale sprzeciwili się temu Niemcy. Interwencja rządu Stanów Zjednoczonych zmusiła władze Rumunii do wyrażenia na to zgody. W grudniu 1939 roku, przez Mediolan, były prezydent trafił do Szwajcarii. Zamieszkał we Fryburgu, gdzie umożliwiono mu kontynuowanie pracy naukowej. Udało mu się spisać wspomnienia do 1932, opublikowane przez wydawane w Nowym Jorku czasopismo "Niepodległość".
Stan jego zdrowia gwałtownie pogorszył się po 1943 roku. Zmarł 2 października 1946 w Versoix w Szwajcarii, w wieku 78 lat. Zgodnie ze swoim życzeniem został pochowany na miejscowym cmentarzu, a na grobie ustawiono prosty, drewniany krzyż z inicjałami "I.M". W 1993 roku szczątki Ignacego Mościckiego przewieziono do Polski i złożono w krypcie prezydenckiej bazyliki archikatedralnej Świętego Jana w Warszawie. Symboliczny grób byłego prezydenta znajduje się w alei zasłużonych na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Ignacy Mościcki był bohaterem filmu dokumentalnego "Być w cieniu" w reżyserii Wincentego Ronisza oraz cyklu dokumentalnego "Prezydenci" Pawła Kędzierskiego.
IAR/PP