Rozkaz o utworzeniu KL Warschau na terenie ruin getta warszawskiego wydał 11 czerwca 1943 roku jeden z przywódców nazistowskich Niemiec Reichsfuehrer SS Heinrich Himmler. Zgodnie z różnymi ustaleniami, w KL Warschau zginęło od 20 do 200 tysięcy osób. Są to dane szacunkowe, ponieważ Niemcy zniszczyli dokumentację obozową. Starali się także systematycznie zacierać ślady masowych zbrodni na ludności w Warszawie.
Według historyków Instytutu Pamięci Narodowej, w obozie KL Warschau oraz w egzekucjach w jego sąsiedztwie zginęło około 20 tysięcy osób. Inne szacunki przedstawiła badaczka historii KL Warschau Maria Trzcińska (zmarła w 2011), zdaniem której w KL Warschau wymordowano około 200 tysięcy osób. Według Marii Trzcińskiej, obóz ten miał znacznie szerszy zasięg niż przyjmuje oficjalna historiografia. Oprócz tzw. Gęsiówki miał obejmować także cztery inne miejsca zagłady: lager w Lasku na Kole, lager przy Bonifraterskiej, zlokalizowany przy dworcu Gdańskim, oraz dwa obiekty zagłady - lagry Warszawa Zachodnia. Maria Trzcińska mówiła także o komorze gazowej, znajdującej się pod Dworcem Centralnym.
Latem 1944 roku, wobec zbliżającego się frontu wschodniego, Niemcy podjęli decyzję o likwidacji obozu. 27 lipca 1944 roku wymordowali kilkuset więźniów słabszych i chorych. Dzień później około 4 tysięcy zmusili do marszu śmierci w kierunku Kutna, gdzie dotarła nieco ponad połowa z nich. Stamtąd zostali przewiezieni do KL Dachau.
5 sierpnia 1944 roku, w piątym dniu Powstania Warszawskiego, obóz został wyzwolony w brawurowej akcji przez żołnierzy Batalionu "Zośka". Przebywało w nim wówczas 348 Żydów, w tym 24 kobiety. Niemcy zostawili ich w KL Warschau, w celu zniszczenia infrastruktury obozowej. Część uwolnionych przyłączyło się do walk powstańczych. Od razu po wyparciu Niemców - jeszcze na terenie obozu - powstał żydowski pluton sformowany przez Henryka Ledermana. Pluton dołączył do Batalionu "Zośka". Więźniowie KL Warschau przyłączyli się także do innych oddziałów.
Po wojnie na terenie dawnego obozu utworzono więzienie NKWD. Sowieci w straszliwych warunkach przetrzymywali tam między innymi jeńców wojennych, żołnierzy AK i członków podziemia niepodległościowego. Później komunistyczna bezpieka umieszczała w nim więźniów kryminalnych, politycznych i tzw. wrogów ludu. Więzienie zlikwidowano pod koniec lat 50. XX wieku, a potem rozebrano wypalony budynek "Gęsiówki". Ostatnie ruiny budynków, w tym frontową ścianę dawnych Koszar Wołyńskich, rozebrano w połowie lat 60. Obecnie nie ma żadnego śladu zabudowań obozowych KL Warschau. W tym miejscu znajduje się skwer, osiedle mieszkaniowe oraz Muzeum Historii Żydów Polskich Polin.
IAR/ep