Władze komunistyczne zezwoliły na rejestrację organizacji dopiero 17 lutego 1981 roku, po najdłuższym studenckim strajku okupacyjnym w Europie. Pierwszym szefem organizacji był Jarosław Guzy, który przewodniczącym Krajowej Komisji Koordynacyjnej NZS-u wybrany został na I Ogólnopolskim Zjeździe w Krakowie
Komunistyczne władze zwlekały z oficjalnym uznaniem NZS. 13 listopada 1980 roku sąd odrzucił wniosek o jego rejestrację. 21 stycznia 81 roku w Łodzi rozpoczął się najdłuższy okupacyjny strajk studencki w Europie. Protestujący zgłosili postulaty między innymi autonomii uczelni, zniesienia przymusu nauczania języka rosyjskiego i reformy studium wojskowego. Domagano się też zakazania wstępu na teren uczelni milicji i bezpieki oraz zwolnienia więźniów politycznych. Jeden z uczestników strajku Piotr Jaworski wspominał po latach, że protestujący w Łodzi otrzymywali wsparcie i pomoc od mieszkańców miasta i niektórych zakładów pracy.
W czasie stanu wojennego Niezależne Zrzeszenie Studentów zeszło do podziemia. Organizacja została ponownie zalegalizowana we wrześniu 1989 roku. Po przemianach demokratycznych NZS stopniowo zmieniał profil działalności, ograniczając inicjatywy polityczne na rzecz reprezentowania interesów studentów. Obecnie Niezależne Zrzeszenie Studenckie skupia około 5 tysięcy studentów na blisko 50 uczelniach.
IAR/ep