W sierpniu został on odwołany ze stanowiska krajowego konsultanta w dziedzinie okulistyki.
Rzecznik ministerstwa zdrowia Krzysztof Bąk twierdzi w rozmowie z IAR, że zwolnienie dotyczyło czegoś innego, niż przedmiot kontroli, w związku z czym nie może być mowy o przywróceniu profesora Szaflika na stanowisko.
Według rzecznika, przyczyną odwołania było stwierdzenie nieprawidłowości w systemie pobierania, przechowywania i przeszczepiania rogówek, nad czym profesor Szaflik jako konsultant krajowy sprawował merytoryczny nadzór. Sprawę bada prokuratura. W raporcie z kontroli napisano, że Bank przekazywał rogówki do ośmiu ośrodków transplantacyjnych posiadających umowę o współpracę z Bankiem. Te ośrodki miały pozwolenie ministra zdrowia na dokonywanie przeszczepów tkanek oka. Bank nie przekazywał tkanek oka do przeszczepów podmiotowi leczniczemu o nazwie Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej Centrum Mikrochirurgii Oka „LASER” w Warszawie oraz do ośrodków zagranicznych. W związku z tym, że kontrola nie stwierdziła naruszeń obowiązujących przepisów prawa, nie sformułowano wniosków i zaleceń pokontrolnych.
Profesor Jerzy Szaflik napisał w oświadczeniu, że wyniki kontroli wykazały, iż kierowana przez niego jednostka wykonywała swoje zadania zgodnie z przepisami, prawidłowo i bez jakichkolwiek niedociągnięć. Zdaniem okulisty, zarzuty ministra zdrowia będące podstawą odwołania nie miały uzasadnienia w faktach, starannie zbadanych przez ekipę kontrolną.