Pochodził z zamożnej rodziny o szlacheckich korzeniach. Kiedy po ukończeniu gimnazjum zdał maturę, wstąpił do Szkoły Podchorążych Rezerwy Kawalerii w Grudziądzu, po której zaliczeniu został skierowany do 20. Pułku Ułanów im. króla Jana III Sobieskiego w Rzeszowie.
Gdy wybuchła II wojna światowa, miał zaledwie dwadzieścia jeden lat, w kwestii wykształcenia zaś, poza specjalistyczną szkołą podoficerską, miał jedynie maturę. Nie walczył długo. Początkowo jego pułk cofał się pod naporem niemieckim na wschód, 17 września od wschodu zaatakowali jednak Sowieci. Trzy dni potem w Pomorzanach dostał się do niewoli, po kolejnych zaś sześciu wyruszył wraz ze swoimi towarzyszami w do Kozielska.
Kliknij w obrazek i zobacz serwis historyczny poświęcony zbrodni katyńskiej:
Posłuchaj, co o Katyniu mówił ks. Zdzisław Peszkowski:
– Cofaliśmy się z Rzeszowa w kierunku Lwowa. W Pogorzanach zabrano mnie do niewoli. To tam postanowiłem, że zostanę kapłanem. Kozielsk był ogromny. Dla mnie to było fantastyczne odkrycie polskiej inteligencji. Zobaczyłem wielu profesorów uniwersytetu, olimpijczyków i wybitnych postaci z każdej dziedziny – wspominał prałat Peszkowski. – Jednym z najstraszniejszych momentów pobytu w obozie był dzień, w który powiedziano nam, że obóz będzie zlikwidowany. Ludzie byli wywożeni grupami. Nie wiedzieliśmy dokąd, kto i dlaczego. Transporty odjeżdżały jeden po drugim. Żegnaliśmy wychodzących przy bramie. Wielu wręczało im karteczki z prośbą o przekazanie informacji najbliższym, gdyby przypadkiem dotarli do Polski pierwsi.
13:43 Katyń - pamiętam -reportaż.mp3 Wspomnienia świadków zbrodni katyńskiej. Reportaż Krzysztofa Wyrzykowskiego. (PR, 2012)
Zdzisław Peszkowski wyszedł ze Związku Radzieckiego razem z Armią Andersa. Przeszedł jej słynny szlak przez Irak, Iran, Indie, Egipt, Liban, Syrię, Liban, Włochy, do Anglii, dowodził kompanią w 1. Pułku Ułanów Krechowieckich w 2. Korpusie Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie; prowadził też zajęcia kulturalne i – już wówczas – religijne, ale zorganizował także krąg harcerski "Podkówka". Dowódcy najwyraźniej docenili jego zaangażowanie, bo jeszcze w Iraku zdobył stopień harcmistrza, i organizował harcerskie życie wśród młodzieży uchodźczej w Teheranie, Isfahanie, Karaczi, Palestynie, a następnie w Indiach: w polskim miasteczku Valivade.
Armia Andersa - zobacz serwis specjalny
Po wojnie podjął studia w zakresie psychologii i filozofii na uniwersytecie w Oksfordzie. Decyzję o kapłaństwie podjął podobno już na drugim roku studiów. W kwietniu 1954 roku w katedrze w Detroit przyjął święcenia kapłańskie. Jednocześnie kontynuował studia, uzyskując tytuł doktora filozofii.
W Orchard Lake wykładał literaturę i język polski, z tej uczelni prowadził też szeroką współpracę z różnymi instytucjami naukowymi, m.in. z Polish American Historical Association, którego był prezesem w 1966 r. W tym okresie powstały dwie jego rozprawy historyczne: "Chrzest Polski i jego konsekwencje" oraz "Poland’s Adventure In Grace".
Jeździł po świecie jako naczelny kapelan Związku Harcerstwa Polskiego poza granicami kraju. To właśnie ta działalność sprawiła, że przyjaźnił się na stopie czysto ludzkiej m.in. z kard. Stefanem Wyszyńskim i Karolem Wojtyłą. Niewątpliwie Jan Paweł II był dla ks. Peszkowskiego wielkim autorytetem. Poświęcił mu dwanaście książek. Jego związki z Watykanem były intensywne także wcześniej. W 1970 r. został wyniesiony do godności prałata domowego Jego Świątobliwości.
Ks. Zdzisław Peszkowski zmarł 8 października 2007 r. w wieku osiemdziesięciu dziewięciu lat. Spoczął w krypcie w Panteonie Wielkich Polaków w warszawskiej Świątyni Opatrzności Bożej.