Urodził się w 1930 roku w Bogucicach, koło Wieliczki. W 1949 ukończył w Krakowie Liceum Sztuk Plastycznych i rozpoczął studia na krakowskiej ASP, którą ukończył w 1955 roku. Rok wcześniej obronił dyplom na wydziale Historii Sztuki Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od czasu zakończenia studiów poświęcił się pracy twórczej.
Zilustrował prawie 200 książek, zarówno tych dla dzieci, jak i tych dla dorosłych. Wiele z nich zostało wydanych za granicą. W swoim dorobku ma też projekty scenografii teatralnych czy projekty gobelinów. Od lat 80. jego największą inspiracją jest przyroda zwierząt, której dał szczególny wyraz w swoich przestrzennych ilustracjach.
W udzielonym Agacie Napiórskiej wywiadzie zwierza się: "Często w sposób uparty i nieco szalony dochodziłem w życiu do rzeczy trudnych. W imię zdrowego rozsądku nie rezygnowałem, tylko parłem do przodu".
Co istotne dla twórcy, jego rytm pracy charakteryzował się następująco: "Zawsze pracowałem w nocy. Zdarzało mi się oczywiście pracować też w dzień, ale zawsze od południa. Do południa dojrzewam do jakiejkolwiek aktywności. Jeśli chodzi o rzeźbę, wiadomo, że pracuję w dzień i na zewnątrz ze względu na piłę spalinową. Bywało, że pracowałem w ogrodzie od jedenastej przed południem aż do zmroku. Z przerwami na posiłki, oczywiście".
Po czym dodaje "Przy ilustracjach najchętniej siedzę od wieczora do późnej nocy. Zdarzało mi się pracować i do piątej rano, tak bywało przy "Don Kichocie". Jak siedzę, to siedzę intensywnie, często trudno mi się zabrać do pracy. Mobilizuję się, a ta bezczynność może trwać, coś się we mnie gotuje, ale jak już się wezmę, to robota idzie".
Jak pisze Agnieszka Grabowska o skarbach zawartych w książce Agaty Napiórskiej, będącej wywiadem rzeką z Józefem Wilkoniem – poznamy tam "wspaniałego artystę władającego zamaszystą, ale jednocześnie precyzyjną kreską, operującego barwną plamą i charakterystyczną "kanciastą" formą, malarza, rzeźbiarza, mającego w ilustracyjnym dorobku niemal dwieście książek dla dzieci i dorosłych".
Zauważa także, ze szczegółami charakterystycznymi dla techniki artysty inne fakty jego twórczości. "Trzeba przyznać, że styl Wilkonia jest rozpoznawalny, charakterystyczny i nie da się ukryć, że na jego pracach – publikowanych m.in. na łamach "Świerszczyka" wychowało się już kilka pokoleń. Artysta łączy różne techniki malarskie, stosuje tusze, akwarele, pastele, eksperymentuje z fakturami, np. malował na workach po cukrze, jego dzieła przypominały gobeliny. Przez przypadek zajął się rzeźbą, co okazało się bardzo szczęśliwym trafem. Wynalazł tzw. ilustracje przestrzenne ( fotografie rzeźb) Jego słynne zwierzęta z drewna i blachy, czyli "Arka Wilkonia" wystawiane są w wielu miejscach kraju i za granicą".
W rozmowie z Katarzyną Bednarczykówną mówi tak: "Uczenie dzieci malowania i rysowania po wilkoniowemu mnie nie interesuje, ja chcę im przekazać decyzję i odwagę". I dodaje dalej: "Zwierzęta są przeważającym motywem moich książek dziecięcych. Przez ich zachowanie, twarze wskazuję problemy ludzkie - ale nie przywary, jak zwykł robić La Fontaine. Zły wilk, chytry lis, głupi jak osioł: to są negatywne, ludzkie mniemania, a ja za pomocą psychiki zwierząt pokazuję dobrą stronę człowieka".
W uznaniu dla dorobku artysty powstały dwa dokumenty filmowe. Pierwszy autorstwa Jakuba Nowaka, w 2000 roku, pod tytułem "Józef Wilkoń", a drugi w 2007 roku w reżyserii Grażyny Banaszkiewicz i zatytułowany "Arka Józefa Wilkonia". W swojej dotychczasowej karierze otrzymał kilkadziesiąt nagród i odznaczeń – m.in. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (2010), Złoty Medal "Zasłużony Kulturze – Gloria Artis" (2006) czy w 2019 cywilne odznaczenie państwowe Królestwa Hiszpanii Krzyż Komandorski Orderu Izabeli Katolickiej. Wystaw indywidualnych w okresie od 1960 do 2013 roku miał blisko 100 i to tylko tych najważniejszych.
PP
