23. Światowy Dzień Pokoju, orędzie "Pokój z Bogiem Stwórcą - pokój z całym stworzeniem", to tradycyjne rozpoczęcie roku.

25 stycznia papież po raz szósty odwiedził Afrykę. Na trasie 45. zagranicznej podróży znalazły się: Republika Wysp Zielonego Przylądka, Gwinea Bissau, Republika Mali, Burkina Faso i Republika Czadu. Ostatniego dnia pielgrzymki, 1 lutego, w czasie spotkania z korpusem dyplomatycznym w czadyjskiej N'Djamenie papież powiedział: "Politycy i dyplomaci winni słyszeć apele kierowane do wspólnoty międzynarodowej. Winni uznać własne błędy, jeśli dopuścili się nadużycia władzy, niesprawiedliwości czy wyzysku, ponieważ ważniejszą rzeczą jest przyczynienie się do umacniania pokoju dla dobra całych narodów niż obrona własnego prestiżu. Byłoby to łatwiejsze, gdyby najważniejszym celem polityki pozostawała zawsze ochrona praw i godności każdego człowieka".

15 marca 1990 Stolica Apostolska i Związek Radziecki nawiązały stałe kontakty oficjalne, dokonując wymiany przedstawicieli.

Cud nad Wełtawą

21 kwietnia Jan Paweł II udał się w dwudniową pielgrzymkę do Czechosłowacji. W czasie powitania na lotnisku papież wyraził radość z faktu, że kraje byłego bloku wschodniego mogą się cieszyć wolnością. Prezydent Vaclav Havel powiedział: "Nie wiem, czy wiem, co to jest cud. Mimo to ośmielam się powiedzieć, że jestem w tej chwili uczestnikiem cudu". 22 kwietnia w Welehradzie Ojciec św. zapowiedział zwołanie Synodu Biskupów poświęconego Europie.

6 maja rozpoczęła się podróż do Ameryki Łacińskiej. Tym razem obejmowała Meksyk i Curaçao na Antylach Holenderskich. "Ameryka Łacińska musi potwierdzić swoją tożsamość historyczną i kulturową począwszy od jej najbardziej pierwotnych korzeni" - powiedział na spotkani z intelektualistami w Meksyku Ojciec Św.

48. podróż apostolska Jana Pawła II odbyła się w dniach 25-27 maja. Papież odwiedził Maltę.

25 czerwca w Rzymie rozpoczął się Synod Biskupów Kościoła bizantyńsko-ukraińskiego – pierwsze spotkanie wszystkich biskupów ukraińskich z papieżem. Jan Paweł II wygłosił do zebranych przemówienie "Ponad czterdzieści lat poza prawem".

Podczas niedzielnej modlitwy na Anioł Pański 26 sierpnia Jan Paweł II przedstawił stanowisko Stolicy Apostolskiej wobec kryzysu w Zatoce Perskiej. Była to pierwsza publiczna wypowiedź na ten temat.

1 września rozpoczęła się druga tego roku podróż do Afryki. Papież odwiedził: Tanzanię, Burundi, Ruandę i Wybrzeże Kości Słoniowej.