16. rok pontyfikatu upłynął z jednej strony pod znakiem kontuzji Jana Pawła II, z drugiej zabiegów dyplomatycznych związanych z wojną na Bałkanach.
11 listopada 1993 Jan Paweł II doznał zwichnięcia stawu barkowego. Kontuzja okazała się na tyle poważna, że konieczna była hospitalizacja. W Poliklinice im. Agostino Gemelli został poddany zabiegowi nastawienia stawu i następnego dnia opuścił szpital.
Na początku stycznia, pod przewodnictwem Jana Pawła II odbyło się spotkanie poświęcone omówieniu sytuacji na Bałkanach, 23 stycznia w Bazylice Św. Piotra papież odprawił mszę św. w intencji zakończenia krwawej wojny domowej w byłej Jugosławii. W trakcie uroczystości Jan Paweł II zapalił lampkę oliwną i umieścił ją w Kaplicy Gregoriańskiej przed obrazem Matki Bożej Wspomożycielki w Bazylice św. Piotra. Lampka miała płonąć aż do zakończenia wojny na Bałkanach. W 1997 roku Jan Paweł II przekaże ją arcybiskupowi Sarajewa, kardynałowi Vinko Puljiciowi w czasie pielgrzymki do Bośni i Hercegowiny. Papież nie ustawał w apelach o pokój w byłej Jugosławii, zarówno w trakcie audiencji i prywatnych wizyt, jak też na forum publicznym, np. podczas lutowej manifestacji na placu św. Piotra "Solidarni z Sarajewem".
Kolejne miesiące upłynęły pod znakiem bolesnej kontuzji Jana Pawła II i długiej rehabilitacji. 28 kwietnia 1994 papież złamał kość udową i przeszedł zabieg wstawienia sztucznego stawu biodrowego. Od tego czasu papież będzie poruszał się o lasce. Jak napisał jeden z dziennikarzy włoskich: "Ludzka słabość Jana Pawła II stała się jego mocą. Któż mógł przewidzieć, że do tego doprowadzi popularność papieża, wylansowanego na scenach świata jako "John Paul Superstar" przez prasę i telewizję, które stworzyły na swój użytek powierzchowny wizerunek człowieka niespożytych sił fizycznych i niestrudzonej aktywności. W miarę jednak jak mijają lata jego pasterzowania, Karol Wojtyła staje się coraz bardziej – także w swoich wystąpieniach publicznych – widzialnym znakiem głęboko religijnej wizji swojej posługi. Jak gdyby każde jego cierpienie było ofiarą składaną za cierpienie świata" (cyt. za: Jan Paweł II. Dzień po dniu. Ilustrowane kalendarium Wielkiego Pontyfikatu 1978-2005, oprac. G. Turowski, Kraków 2005, s. 805).
Kolejne tygodnie Jan Paweł II spędził w Poliklinice Gemelli, co nie znaczy, że Jego aktywność spadła. W szpitalu odbywały się audiencje, papież pisał listy, opracowywał wystąpienia, uczestniczył w mszach św. Dopiero pod koniec maja opuścił poliklinikę.
Mimo cierpienia, we wrześniu 1994 roku papież zdecydował się na pielgrzymkę do Chorwacji. Wizyta związana była z obchodami 900-lecia archidiecezji zagrzebskiej, ale miała też wymiar międzynarodowy. Jan Paweł II wielokrotnie w trakcie homilii błagał o pokój i pojednanie między narodami.
Grzegorz Sołtysiak na podst."Ilustrowanego kalendarium Wielkiego Pontyfikatu"